Matthias Wernecke studierte von 1983 bis 1989 in Köln bei Prof. Paul Breuer und Prof. Wolfgang Güttler. Er war Mitglied im Kölner Kammerorchester unter Helmut Müller-Brühl und im Schleswig-Holstein Festivalorchester unter Leonard Bernstein. Seit 1989 ist er 1. Solo-Kontrabassist im Osnabrücker Symphonieorchester. Daneben ist er seit 1990 als Kontrabasslehrer an der Musik- und Kunstschule Osnabrück sowie als Dozent für Klassischen Kontrabass am Institut für Musik tätig. Außerdem ist Matthias Wernecke Mitglied im Barockorchester La Gioia Osnabrück und in diversen Kammermusikformationen.